Japan Color認証制度の組織は、認証制度の要綱等の重要事項の審議・承認を行う｢Japan Color認証制度策定委員会｣のもと、｢Japan Color認証専門家ワーキング委員会｣、｢Japan Colorマッチング認証・プルーフ運用認証ワーキング委員会｣、｢Japan Color認証プルーフワーキング委員会｣、「Japan Color認証制度デジタル印刷認証委員会」、｢Japan Color認証制度認証判定委員会｣、｢Japan Color認証制度事務局｣からなります。

｢Japan Color認証専門家ワーキング委員会｣は、標準印刷認証の認証スキーム及び認証基準等の検討を行います。｢Japan Colorマッチング認証・プルーフ運用認証ワーキング委員会｣は、マッチング認証及びプルーフ運用認証の認証スキーム及び認証基準等の検討を行います。｢Japan Color認証プルーフワーキング委員会｣は、プルーフ機器認証の認証スキーム及び認証基準等の検討を行います。「Japan Color認証制度デジタル印刷認証委員会」はデジタル印刷認証の認証スキーム及び認証基準等の検討を行います。｢Japan Color認証制度認証判定委員会｣は、Japan Color認証制度の５つの認証における審査を行い、認証可否の決定を行います。｢Japan Color認証制度事務局｣は、Japan Color認証制度の事務全般を行います。

Japan Color認証制度の各委員会は、経済産業省、学識経験者、広告代理店、印刷会社、製紙会社、印刷機械メーカー、プルーフ機器メーカー、インキメーカー、（一社）日本印刷学会、（一社）日本印刷産業連合会などのメンバーにて構成されています。

尚、Japan Color認証制度認証判定委員会の委員については非公開となっています。